SciPy 1.6.0 发行说明#

SciPy 1.6.0 是 6 个月辛勤工作的成果。它包含许多新功能、大量错误修复、改进的测试覆盖率和更好的文档。此版本中进行了一些弃用和 API 更改,如下所述。鼓励所有用户升级到此版本,因为其中包含大量错误修复和优化。在升级之前,我们建议用户检查他们自己的代码是否使用了已弃用的 SciPy 功能(为此,请使用 python -Wd 运行您的代码并检查 DeprecationWarning)。我们的开发注意力现在将转移到 1.6.x 分支上的错误修复版本,以及在主分支上添加新功能。

此版本需要 Python 3.7+ 和 NumPy 1.16.5 或更高版本。

对于在 PyPy 上运行,需要 PyPy3 6.0+。

此版本亮点#

  • scipy.ndimage 改进:修复和增强了插值函数的边界扩展模式。在许多过滤和插值函数中支持复数值输入。用于 scipy.ndimage.zoom 的新 grid_mode 选项,以实现与 scikit-image 的 rescale 一致的结果。

  • scipy.optimize.linprog 具有来自 HiGHS 库的用于大型稀疏问题的快速新方法。

  • scipy.stats 改进,包括新的分布、新的测试以及对现有分布和测试的增强

新功能#

scipy.special 改进#

scipy.special 现在改进了对 64 位 LAPACK 后端的支持

scipy.odr 改进#

scipy.odr 现在支持 64 位整数 BLAS

scipy.odr.ODR 增加了一个可选的 overwrite 参数,以便可以覆盖现有文件。

scipy.integrate 的改进#

对一些名称不佳的函数进行了重命名,出于向后兼容性的原因,保留了旧名称,但未在参考指南中列出: - integrate.simps 重命名为 integrate.simpson - integrate.trapz 重命名为 integrate.trapezoid - integrate.cumtrapz 重命名为 integrate.cumulative_trapezoid

scipy.cluster 的改进#

添加了 scipy.cluster.hierarchy.DisjointSet,用于增量连接查询。

scipy.cluster.hierarchy.dendrogram 的返回值现在还包括 leaves_color_list 中的叶子颜色信息。

scipy.interpolate 的改进#

scipy.interpolate.interp1d 有一个新的方法 nearest-up,与现有的方法 nearest 相似,但将半整数向上而不是向下舍入。

scipy.io 的改进#

增加了对读取 1 到 32 位任意位深度整数 PCM WAV 文件的支持,包括常见的 24 位深度。

scipy.linalg 的改进#

新函数 scipy.linalg.matmul_toeplitz 使用 FFT 计算 Toeplitz 矩阵与另一个矩阵的乘积。

scipy.linalg.sqrtmscipy.linalg.logm 由于增加了 Cython 代码而提高了性能。

pptrfpptrsppsvpptrippcon 添加了 Python LAPACK 包装器。

scipy.linalg.normsvd 系列函数现在将在可用时使用 64 位整数后端。

scipy.ndimage 的改进#

scipy.ndimage.convolvescipy.ndimage.correlate 及其 1d 对应项现在接受复数值图像和/或复数值滤波器核。所有基于卷积的滤波器现在也接受复数值输入(例如 gaussian_filteruniform_filter 等)。

scipy.ndimage 插值函数(即 affine_transformgeometric_transformmap_coordinatesrotateshiftzoom)引入了多个边界处理的修复和增强。

添加了一个新的边界模式 grid-wrap,它周期性地包装图像,使用的周期等于输入图像网格的形状。这与现有的 wrap 模式形成对比,后者使用的周期比每个维度上原始信号范围小一个样本。

修复了 reflect 边界条件中长期存在的错误,并引入了模式 grid-mirror 作为 reflect 的同义词。

现在可以使用新的边界模式 grid-constant。这与现有的 ndimage constant 模式类似,但在原始图像范围之外的坐标值仍将执行插值。此 grid-constant 模式与 OpenCV 的 BORDER_CONSTANT 模式和 scikit-image 的 constant 模式一致。

样条预滤波(当 order >= 2 时,由 ndimage 插值函数在内部使用)现在支持所有边界模式,而不是始终默认为镜像边界条件。独立函数 spline_filterspline_filter1d 具有与模式 mirrorgrid-wrapreflect 匹配的分析边界条件。

scipy.ndimage 插值函数现在接受复数值输入。在这种情况下,插值独立应用于实部和虚部。

已使用新图形更新了 ndimage 教程(https://docs.scipy.org.cn/doc/scipy/reference/tutorial/ndimage.html),以更好地阐明所有插值边界模式的确切行为。

scipy.ndimage.zoom 现在有一个 grid_mode 选项,它将轴上第一个像素中心的坐标从 0 更改为 0.5。这允许以与 scikit-image 的 resizerescale 函数(以及 OpenCV 的 cv2.resize)行为一致的方式调整大小。

scipy.optimize 的改进#

scipy.optimize.linprogHiGHS C++ 库中获得了用于大型稀疏问题的快速新方法。method='highs-ds' 使用高性能的对偶修正单纯形实现 (HSOL),method='highs-ipm' 使用带有交叉的内点方法,method='highs' 自动在两者之间选择。这些方法通常更快,并且通常超过其他 linprog 方法的精度,因此我们建议在使用 linprog 时显式指定这三个方法值之一。

添加了 scipy.optimize.quadratic_assignment,用于近似求解二次分配问题。

scipy.optimize.linear_sum_assignment 现在对于小成本矩阵尺寸的开销显著降低了。

当用户以 csr_matrix 格式提供稀疏雅可比矩阵时, scipy.optimize.least_squares 的性能得到了提升。

scipy.optimize.linprog 现在有一个 rr_method 参数,用于指定处理冗余的方法,并且可以使用基于插值分解方法的新方法。

scipy.signal 的改进 #

添加了 scipy.signal.gammatone ,用于设计模拟人类听觉系统的 FIR 或 IIR 滤波器。

添加了 scipy.signal.iircomb ,用于设计可以增强/衰减信号中某个频率的 IIR 峰值/陷波梳状滤波器。

scipy.signal.sosfilt 的性能得到了改进,避免了一些先前观察到的减速情况。

添加了 scipy.signal.windows.taylor – Taylor 窗函数常用于雷达数字信号处理。

scipy.signal.gauss_spline 现在支持 list 类型输入,以便与其他相关的 SciPy 函数保持一致。

添加了 scipy.signal.correlation_lags ,以允许计算一维互相关的滞后/位移索引数组。

scipy.sparse 的改进 #

scipy.sparse.csgraph.min_weight_full_bipartite_matching 中添加了一个用于二分图的最小权重完全匹配问题的求解器,也称为线性分配问题。 特别是,这提供了类似于 scipy.optimize.linear_sum_assignment 的功能,但对于稀疏输入具有更高的性能,并且能够处理其密集表示形式无法放入内存的输入。

scipy.sparse.block_diag 的时间复杂度从二次方大幅提高到线性。

scipy.sparse.linalg 的改进 #

SuperLU 的供应商版本已更新。

scipy.fft 的改进 #

供应商的 pocketfft 库现在支持使用 ARM neon 向量扩展进行编译,并改进了线程池行为。

scipy.spatial 的改进 #

KDTree 的 Python 实现已被删除,并且 KDTree 现在通过 cKDTree 实现。 你现在可以默认获得类似 cKDTree 的性能。 这也意味着不再需要为了查询大型树而增加 sys.setrecursionlimit 的值。

transform.Rotation 已更新,除了现有的旋转表示形式之外,还支持修正的罗德里格参数 (PR gh-12667)。

scipy.spatial.transform.Rotation 已部分 Cython 化,观察到了一些性能改进。

scipy.spatial.distance.cdist minkowski 度量的性能得到了改进,尤其是对于 p 范数值为 1 或 2 的情况。

scipy.stats 的改进 #

已将新的分布添加到 scipy.stats

已覆盖多个分布的 fit 方法( laplace pareto rayleigh invgauss logistic gumbel_l gumbel_r );现在,它们使用分析性的、特定于分布的最大似然估计结果,以获得比通用(数值优化)实现更高的速度和精度。

已将单样本 Cramér-von Mises 测试添加为 scipy.stats.cramervonmises

scipy.stats.ttest_1samp scipy.stats.ttest_ind_from_stats scipy.stats.ttest_ind scipy.stats.ttest_rel 添加了计算单边 p 值的选项。

函数 scipy.stats.kendalltau 现在有一个选项可以计算肯德尔 tau-c(也称为斯图尔特的 tau-c),并且为样本大小 > 171 添加了精确的 p 值计算支持。

stats.trapz 被重命名为 stats.trapezoid,前者的名称作为别名保留,以实现向后兼容。

函数 scipy.stats.linregress 现在在其返回值中包括截距的标准误差。

已将 _logpdf _sf _isf 方法添加到 scipy.stats.nakagami ; 还将 _sf _isf 方法添加到 scipy.stats.gumbel_r

为了提高精度,已将 sf 方法添加到 scipy.stats.levy scipy.stats.levy_l

scipy.stats.binned_statistic_dd 对于以下计算的统计量的性能改进: max min median std

我们衷心感谢陈-扎克伯格倡议的基础开放科学软件计划对 scipy.stats 的许多改进提供支持。

已弃用的功能#

scipy.spatial 更改#

调用 KDTree.query 并使用 k=None 来查找所有邻居的功能已弃用。请改用 KDTree.query_ball_point

distance.wminkowski 已被弃用;请改用 distance.minkowski 并使用 w 关键字提供权重。

向后不兼容的更改#

scipy 更改#

在 SciPy 1.4.0 中被弃用后,使用 scipy.fft 作为 numpy.fft.fft 函数别名的功能已被删除。因此,现在必须显式导入 scipy.fft 子模块,与其他 SciPy 子包保持一致。

scipy.interpolate 更改#

scipy.linalg 更改#

scipy.signal 更改#

decimate, lfilter_zi, lfiltic, sos2tfsosfilt_zi 的输出已更改为与其输入的 numpy.result_type 相匹配。

窗口函数 slepian 已被移除。它自 SciPy 1.1 起已被弃用。

scipy.spatial 更改#

cKDTree.query 现在在 Windows 上返回 64 位整数而不是 32 位整数,从而使平台之间的行为保持一致 (PR gh-12673)。

scipy.stats 更改#

frechet_lfrechet_r 分布已被移除。它们自 SciPy 1.0 起已被弃用。

其他更改#

setup_requires 已从 setup.py 中删除。这意味着在没有预先安装 numpy 的情况下调用 python setup.py install 的用户现在会收到错误,而不是通过 easy_install 为他们安装 numpy。这种安装方法一直很脆弱并且存在问题,建议用户在从源代码安装时使用 pip

作者#

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  • Peter Bell

  • Tobias Biester +

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  • Jacob Zhong +

共有 122 人为本次发布做出了贡献。名字旁边带有“+”号的人是首次贡献补丁。此列表是自动生成的,可能不完全完整。

为 1.6.0 关闭的问题#

  • #1323: ndimage.shift 破坏来自边缘的数据 (Trac #796)

  • #1892: 将 rptfile= 与现有文件一起使用会导致 Fortran 运行时错误…

  • #1903: ndimage.rotate 遗漏了一些值 (Trac #1378)

  • #1930: scipy.io.wavfile 应该能够读取 24 位有符号的 wave 文件 (Trac…)

  • #3158: signal.filtfilt 的奇数类型转换行为

  • #3203: interpolation.zoom 在某些情况下输出不正确

  • #3645: BUG: stats: 如果掩码错误,则 mstats.pearsonr 计算错误…

  • #3665: 从 stats 函数返回 Bunch 对象

  • #4922: 来自 zoom 的意外零输出值

  • #5202: BUG: stats: 来自几个分布的 pdf 方法的虚假警告…

  • #5223: 当调整子数组大小时,Zoom 不返回相同的值…

  • #5396: scipy.spatial.distance.pdist 文档错误

  • #5489: ValueError: 创建 intent(cache|hide)|optional array 失败–…

  • #6096: 当 squeeze_me=True 时,loadmat 会丢弃空数组的 dtype

  • #6713: sicpy.ndimage.zoom 在某些情况下返回伪影和边界

  • #7125: 无法得知 c 函数使用的维度数,该函数被…

  • #7324: 当下采样时 scipy.ndimage.zoom 插值不良 (zoom…)

  • #8131: BUG: geometric_transform 包装模式可能存在错误

  • #8163: 当提供 x0 时,LSMR 在某些随机值上失败

  • #8210: 为什么对于 scipy.ndimage.zoom 我应该选择 order > 1?

  • #8465: ndimage.rotate 的 reflect 模式的意外行为

  • #8776: cdist 在 Minkowsky 和 np.inf 下的行为

  • #9168: scipy.stats 中 pearson3 的文档不清晰

  • #9223: scipy.sparse.block_diag 的更快实现

  • #9476: signal.medfilt2d 的 QUICK_SELECT 中无效的索引

  • #9857: scipy.odr.Output.sd_beta 不是标准误差

  • #9865: `ndimage.shift` 和 `ndimage.affine_transform` 的奇怪行为

  • #10042: 考虑支持多元学生 t 分布?

  • #10134: gausshyper 分布接受无效参数

  • #10179: test_lapack.py 中的 str+bytes 连接错误

  • #10216: cKDTree.query_ball_point 速度退化

  • #10463: ENH: 向量化 scipy.fft 以支持更多 CPU 架构

  • #10593: 重命名 `sum` ndimage 函数

  • #10595: scipy.stats.ttest_1samp 应该支持备择假设

  • #10610: ndimage.interpolation.spline_filter1d 的 mode 默认值

  • #10620: ndimage.interpolation.zoom() 选项,使其像 skimage.transform.resize() 一样工作

  • #10711: scipy.optimize._lsq.lsq_linear.py 中的数组形状未对齐错误

  • #10782: BUG: optimize: `scipy.optimize.show_options` 未知的方法

  • #10892: optimize/dual_annealing 中一个等式可能存在拼写错误

  • #11020: signal.fftconvolve 返回包含滞后信息的元组

  • #11093: scipy.interpolate.interp1d 无法处理 datetime64

  • #11170: 使用 manylinux2014 来获取 aarch64/ppc64le 支持

  • #11186: BUG: stats: 当 skew… 时,pearson3 的 CDF 和 SF 函数不正确

  • #11366: 由于无效的转义序列导致的 DeprecationWarning

  • #11403: Optimize 引发 “ValueError: `x0` 违反了边界约束”…

  • #11558: ENH: IIR 梳状滤波器

  • #11559: BUG: iirdesign 不会因高于奈奎斯特频率而失败

  • #11567: scipy.signal.iirdesign 不检查 wp 和 ws 的一致性…

  • #11654: ENH: 添加负超几何分布

  • #11720: BUG: stats: median_absolute_deviation 对于数组返回错误的形状…

  • #11746: BUG: stats: pearson3 返回大小为 1 的数组,而其他分布…

  • #11756: 改进和修复 *Spline 文档字符串和代码

  • #11758: BUG: 当设置 `bc_type’ 时 scipy.interpolate.CubicSpline 的错误…

  • #11925: MAINT: 删除 CI 中的字符编码检查?

  • #11963: 测试失败 - TestLinprogIPSparseCholmod

  • #12102: 非中心 t 分布的第一个矩不正确

  • #12113: scipy.stats.poisson 的 rate = 0 的文档

  • #12152: ENH: signal.gauss_spline 应该接受一个列表

  • #12157: BUG: 在 scipy.optimize.linesearch.scalar_search_wolfe2 中,迭代索引初始化错误

  • #12162: 将 Rotation 对象存储在 NumPy 数组中会返回一个带有…

  • #12176: 无法修改 `wavfile.read` 返回的数组切片

  • #12190: 从树状图检索叶子颜色

  • #12196: PERF: 与 numpy.linalg.pinv 相比,scipy.linalg.pinv 非常慢

  • #12222: 插值分类数据 (interp1d)

  • #12231: 克鲁斯卡尔-沃利斯检验的 p 值是双侧的吗?

  • #12249: ENH: least_squares: 如果已经存在,则不应该重新实例化 csr_matrix…

  • #12264: DOC: optimize: linprog 特定方法函数签名

  • #12290: DOC: 凸包面积实际上是 2 维的周长…

  • #12308: 当 yDot = 0 时,使用 DOP853 方法的 integrate.solve_ivp 失败

  • #12326: BUG: stats.exponnorm.pdf 对小的 K 返回 0

  • #12337: scipy.sparse.linalg.eigsh 文档具有误导性

  • #12339: scipy.io.wavfile.write 文档示例错误

  • #12340: sparse.lil_matrix.tocsr() 在 nzn… 的矩阵上静默失败

  • #12350: 创建 gamma 分布的 2 参数版本

  • #12369: scipy.signal.correlate 在文档、示例中存在错误…

  • #12373: interp1d 对于阶跃函数返回不正确的值

  • #12378: interpolate.NearestNDInterpolator.__call__ & LinearNDInterpolator.__call__…

  • #12411: scipy.stats.spearmanr 使用 “propogate” 错误处理 nan 变量

  • #12413: DOC: 从 SciPy 教程中删除 “基本函数” 部分。

  • #12415: scipy.stats.dirichlet 文档问题

  • #12419: least_squares 使用 ‘lm’ 方法出现 ValueError - 从 1.4.1 版本回归…

  • #12431: 请求用于 LAPACK 的 ?pptrf 的 Python 包装器(Cholesky 分解)…

  • #12458: spearmanr 在所有 NaN 列上产生错误

  • #12477: WIP: 为 stats.invgauss/wald 添加 MLE

  • #12483: 当文件在 python 3.6.0 上太大时,读取 .wav 失败

  • #12490: BUG: stats: logistic 和 genlogistic logpdf 对于大的值溢出…

  • #12499: 当值数组具有 writeable=False 时,LinearNDInterpolator 引发 ValueError…

  • #12523: __odrpack.c 中的键错误

  • #12547: scipy/cluster/_hierarchy.pyx 中的拼写错误

  • #12549: DOC: least_squares 返回类型格式错误。

  • #12578: TST: test_bounds_infeasible_2 在 wheel repo cron 作业中失败

  • #12585: ENH: 添加多元超几何分布

  • #12604: `scipy.constants.lambda2nu` 中不直观的转换

  • #12606: DOC: 示例中的无效语法。

  • #12665: 自动化代码分析发现的可能错误的列表

  • #12696: scipy.optimize.fminbound,numpy 弃用警告 Creating…

  • #12699: TestProjections.test_iterative_refinements_dense 失败

  • #12701: TestDifferentialEvolutionSolver::test_L4 失败

  • #12719: 使用 ‘exponential’ 时,scipy.signal.get_window() 文档字符串具有误导性…

  • #12740: circstd 不处理 R = hypot(S, C) > 1 的情况

  • #12749: ENH: interp1d Matlab 兼容性

  • #12773: 元问题:ndimage 样条边界处理 (NumFOCUS 提案)

  • #12813: 如果 options[“tol_norm”] 期望…,则 optimize.root(method="krylov") 失败

  • #12815: 当所有值相同时,stats.zscore 行为不一致

  • #12840: scipy.signal.windows.dpss 文档字符串中的拼写错误

  • #12874: Rotation.random vs stats.special_ortho_group

  • #12881: FFT - 文档 - 示例 - linspace 构造

  • #12904: BUG: loadarff() 中的解析错误

  • #12917: GitHub Actions 夜间构建在分支上触发

  • #12919: BUG: 数值精度问题,在 nct.mean 中使用 gammaln

  • #12924: 重命名基于采样的积分方法以符合代码规范……

  • #12940: AIX 的最低 numpy 版本是否应该提升到 1.16.5

  • #12951: scipy.stats.weightedtau 中可能的拼写错误

  • #12952: [文档问题] 如果指定……是否会更精确

  • #12970: 文档将二阶部分作为正确的选择……

  • #12982: 计算 linregress 中的截距标准误差

  • #12985: scipy.stats.wilcoxon 文档中可能的错误链接

  • #12991: least_squares 在 float32 下失效

  • #13001: 来自 `L-BFGS-B` 的 `OptimizeResult.message` 是字节,而不是……

  • #13030: BUG: lint_diff.py 对于反向移植 PR 仍然失败

  • #13077: CI: codecov 正确的补丁差异

  • #13085: 在合并 HiGHS 求解器后,主分支上的构建失败

  • #13088: BLD, BUG: HiGHS/optimize 导致的 wheel 构建失败

  • #13099: kron 的空稀疏结果的错误输出格式

  • #13108: TST, CI: GitHub Actions MacOS 失败

  • #13111: BUG, DOC: refguide 检查失败

  • #13127: 在带有系统编译器的 conda 环境中,ODR 输出文件写入失败

  • #13134: 来自 Travis 的迁移跟踪器

  • #13140: BUG: signal: `ss2tf` 错误地将输出截断为整数。

  • #13179: CI: lint 因输出到 stderr 而失败

  • #13182: 键在 `test_optimize.test_show_options` 中出现两次

  • #13191: 如果...,`scipy.linalg.lapack.dgesjv` 将覆盖原始数组

  • #13207: TST: test_cossin_separate 中不稳定的测试失败

  • #13221: BUG: pavement.py 小故障

  • #13239: 使用 `eigh(…, driver=”evx”)` 时,对于 10x10……出现段错误

  • #13248: ndimage: 对复数值输入的 cval 处理不当

1.6.0 的拉取请求#

  • #8032: ENH: 添加雷达处理中常见的泰勒窗

  • #8779: CI: 运行基准测试

  • #9361: ENH: 将 Kendall 的 tau-a 和 tau-c 变体添加到 scipy.stats.kendalltau()

  • #11068: ENH: 将 correlation_lags 函数添加到 scipy.signal

  • #11119: ENH: 将 Cramer-von-Mises(单样本)测试添加到 scipy.stats

  • #11249: ENH: optimize: 插值分解冗余删除…

  • #11346: ENH: 添加使用 FFT 的快速 Toeplitz 矩阵乘法

  • #11413: ENH: 多元 t 分布(过时)

  • #11563: ENH: stats.kendalltau() 中样本大小 > 171 的精确 p 值

  • #11691: ENH: 将一系列反转函数添加到 linprog

  • #12043: ENH: optimize: 将 HiGHS 方法添加到 linprog - 续

  • #12061: 检查 signal.iirdesign 中的参数一致性

  • #12067: MAINT: 清理 ndimage/src/_ctest.c 中的 OLDAPI

  • #12069: DOC: 添加用于实现 nan_policy 的开发者指南…

  • #12077: MAINT: malloc 返回值的 cython 检查

  • #12080: MAINT: 删除 suppress_warnings

  • #12085: ENH: special: 支持 ILP64 Lapack

  • #12086: MAINT: 清理在 2to3 期间使用的 PyMODINIT_FUNC

  • #12097: ENH: stats: 使用分析 MLE 覆盖 stats.rayleigh.fit

  • #12112: DOC: 改进 integrate.nquad 文档字符串

  • #12125: TST: 为具有负输入的 stats.gmean 添加测试

  • #12139: TST: 减少 lsmr 测试中的不稳定性

  • #12142: DOC: 当 mu=0 且 k=0 时,在泊松分布中添加注释……

  • #12144: DOC: 更新 ndimage.morphology.distance_transform*

  • #12154: ENH: scipy.signal: 允许在 gauss_spline 中使用列表

  • #12170: ENH: scipy.stats: 添加负超几何分布

  • #12177: MAINT: 正确地将输入行添加到 ValueError

  • #12183: ENH: 尽可能使用 fromfile

  • #12186: MAINT: 泛化 SphericalVoronoi 中的测试

  • #12198: TST: 修复 str + bytes 错误

  • #12199: ENH: 在某些 scipy.signal 函数中匹配 np.result_type 行为

  • #12200: ENH: 将 FIR 和 IIR gammatone 滤波器添加到 scipy.signal

  • #12204: ENH: 为 odr.ODR() 及其测试添加 overwrite 参数。

  • #12206: MAINT: lstsq: 如果数组很高,则切换到转置问题

  • #12208: wavfile 错误修复和维护

  • #12214: DOC: 修复 odr.Output 的“sd_beta”的文档字符串。

  • #12234: MAINT: 防止 scipy.optimize BFGS 中的除以零警告……

  • #12235: REL: 将版本设置为 1.6.0.dev0

  • #12237: BUG: 修复 QUICK_SELECT 轴的退出条件

  • #12242: ENH: 将 ndimage.sum 重命名为 ndimage.sum_labels(保留 sum 作为别名)

  • #12243: EHN: 更新 SuperLU

  • #12244: MAINT: stats: 避免 ncx2.pdf 中的虚假警告

  • #12245: DOC: 修复 scipy.ndimage.spline_filter1d 中模式的不正确默认值

  • #12248: MAINT: 清理 pavement.py

  • #12250: ENH: 将 csr_matrix() 替换为 tocsr() 并补充文档字符串

  • #12253: TST, CI: 打开 codecov 补丁差异

  • #12259: MAINT: 删除重复的导入周期测试

  • #12263: ENH: 重命名 LocalSearchWrapper 边界

  • #12265: BUG optimize: 接受 lsq_linear 中的 np.matrix

  • #12266: BUG: 修复双退火 accept_reject 计算中的括号错误

  • #12269: MAINT: 在错误消息中包含不匹配的形状。

  • #12279: MAINT: `__array__` 和数组协议不能在 sparse 中使用。

  • #12281: DOC: 更新 wheel DL 文档

  • #12283: ENH: odr: ODR 中支持 ILP64 Blas

  • #12284: ENH: linalg: 在 f2py 包装器中支持 ILP64 BLAS/LAPACK

  • #12286: ENH: Cythonize scipy.spatial.transform.Rotation

  • #12287: ENH: 读取任意位深度(包括 24 位)WAV

  • #12292: BLD: 修复 musl 编译

  • #12293: MAINT: 修复 validate_runtests_log.py 中的 DeprecationWarning。

  • #12296: DOC: 澄清 scipy.spatial.ConvexHull 文档字符串中的面积/体积

  • #12302: CI: 在主分支上运行 travis 构建以保持缓存最新

  • #12305: TST: 清理测试中的打印语句

  • #12323: ENH: 添加一个类似于 Bunch 的类,以用作向后兼容……

  • #12324: 修复:io:修复尝试引发…时发生的错误

  • #12327: 文档:澄清 `query_ball_tree` 和 `query_pairs` 的文档字符串

  • #12334: 性能:提高 cKDTree.query_ball_point 的常数时间 cython 开销

  • #12338: 文档:提高 linalg 和 sparse/linalg 中文档的一致性和清晰度

  • #12341: 文档:为 KDTree 的 query_ball_tree 和 query_pairs 添加示例

  • #12343: 文档:为 special.eval_legendre() 添加示例

  • #12349: 修复:避免 32 位系统中 sum() 的溢出

  • #12351: 文档:修复 wavfile 示例为 16 位

  • #12352: [修复] 考虑 DOP853 误差估计中的 0/0 除法

  • #12353: 修复 vq.py 中的异常原因

  • #12354: 维护:清理 setlist.pxd 中不需要的 void* 强制转换

  • #12355: 测试:删除旧 win-amd64 错误的 hack

  • #12356: 增强:更快地实现 scipy.sparse.block_diag (#9411…

  • #12357: 维护、测试:更新并运行 scipy/special/utils/convert.py

  • #12358: 测试:检查 mstat.skewtest p 值

  • #12359: 测试:使用 int64 indptr 和 indices 的稀疏矩阵测试

  • #12363: 文档:CloughTocher2DInterpolator 中的参考

  • #12364: 文档:`sparse_distance_matrix` 和 `count_neighbors` 示例

  • #12371: 维护,CI:升级到最新的稳定 OpenBLAS

  • #12372: 维护:(c)KDTree 测试的次要清理

  • #12374: 弃用:弃用 `distance.wminkowski`

  • #12375: 增强:为 p=1,2 的 minkowski 距离添加快速路径并支持…

  • #12376: 修复大多数代码库中的异常原因

  • #12377: 文档:快速修复 - 将换行符添加到 correlation_lags 文档字符串示例…

  • #12381: 基准:删除过时的 goal_time 参数

  • #12382: 增强:用 cKDTree 的薄包装器替换 KDTree

  • #12385: 文档:改进 interpolate.NearestNDInterpolator.__call__ 的文档字符串…

  • #12387: 文档/样式:为 scipy.signal.correlate 添加示例

  • #12393: CI:用…替换现有非 ASCII 字符的检查

  • #12394: CI:arm64 numpy 现在可用

  • #12395: 增强:提高 stats.binned_statistic_dd 性能

  • #12396: 文档,维护:转发端口 1.5.0 发行说明

  • #12398: API:禁用带有单个…的 Rotation 实例的 len() 和索引

  • #12399: 维护:将一些 Unicode 破折号类字符替换为 ASCII 连字符。

  • #12402: 更新 .mailmap

  • #12404: 维护:io:将 test_mio.py 的编码注释更改为 utf-8。

  • #12416: CI:缓存 mingw,azure pipelines

  • #12427: 修复:循环展开中的逻辑错误 (cKDTree)

  • #12432: 文档:从 SciPy 教程中删除“基本函数”部分。

  • #12434: 增强:linalg:添加 LAPACK 包装器 pptrf/pptrs/ppsv/pptri/ppcon

  • #12435: 文档:修复 scipy.stats.dirichlet 文档的单纯形数学

  • #12439: 文档:为 NdPPoly 添加 API 方法摘要

  • #12443: 修复:stats:改进 exponnorm.pdf 的计算

  • #12448: 文档:stats:将“示例”添加到 ansari 文档字符串。

  • #12450: 增强:为 cluster.dendrogram 字典添加 `leaves_color_list`。

  • #12451: 维护:从代码库中删除“黑名单”术语

  • #12452: 文档:阐明 cluster.vq.whiten() 的白化含义

  • #12455: 维护:setup.py 中更清晰的错误消息

  • #12457: 增强:stats:用分析 MLE 覆盖 stats.pareto.fit

  • #12460: 检查 spearman rho 中的列是否完全为 NaN 或 Inf

  • #12463: 文档:改进并清理 fitpack2.py 中的 *Spline 文档字符串

  • #12474: 增强:linalg:通过将紧密循环移动到 Cython 来加速 _sqrtm_triu

  • #12476: 增强:将 IIR 梳状滤波器添加到 scipy.signal

  • #12484: 修复 minimize 的文档

  • #12486: 文档:当 mu=0 且 k=0 时,在泊松分布中添加注释…

  • #12491: 维护:转发端口 1.5.1 发行说明

  • #12508: 修复整个代码库中的异常原因

  • #12514: 增强:stats:用分析 MLE 覆盖 stats.invgauss.fit

  • #12519: 性能:当无论如何都需要自定义初始化时,避免使用 np.zeros

  • #12520: 文档:次要 RST 部分重命名。

  • #12521: 维护:删除未使用的导入

  • #12522: 性能:消除 VarReader5.cread_fieldnames 中不必要的分配

  • #12524: 文档:special:设置 Axes3D 矩形以避免在绘图中剪切标签。

  • #12525: 修复大型稀疏 nnz

  • #12526: 文档:删除双部分和过长的标题下划线。

  • #12527: 改进错误插值类型的错误消息

  • #12530: 将冗余逻辑移到循环之外以在…中实现条件加速

  • #12532: 增强:将 norm={“forward”, “backward”} 添加到 `scipy.fft`

  • #12535: 维护:避免 Sphinx 弃用的 SeeAlso 和 Only 别名

  • #12540: 修复:修复 odr.output.work_ind 键错误并添加其测试。

  • #12541: 增强:为最小权重完整二分匹配添加求解器

  • #12550: 性能:rv* 的 pickle 速度

  • #12551: 文档:修复 cluster/_hierarchy.pyx 中的错别字

  • #12552: CI:清理 travis pip 安装

  • #12556: 修复:修复 Scipy.integrate.solve_bvp 在处理大型问题时的问题

  • #12557: 维护:使用外部模板来提高 sparsetools 的编译时间

  • #12558: 维护:删除允许 scipy.fft 像函数一样工作的 hack

  • #12563: 维护:删除 special/orthogonal.py 中未使用的 mu0

  • #12564: 文档:修复 least_squares 的返回类型文档字符串

  • #12565: 文档:stats:回应有关 Kruskal-Wallis 检验的查询…

  • #12566: 修复:插值:使用稳定排序

  • #12568: 更新了 as_quat 的文档

  • #12571: 弃用:删除已弃用的 slepian 窗口

  • #12573: 弃用:删除 `frechet_l` 和 `frechet_r`

  • #12575: 修复:stats:修复当参数总和 > 1 时 multinomial.pmf 的 NaN

  • #12576: 维护:删除 LSQSphereBivariateSpline 中的警告

  • #12582: 增强:多元 t 分布

  • #12587: 增强:加速 scipy.stats 中 gengamma 的 rvs

  • #12588: 文档:为 LinearNDInterpolator 添加示例和“另请参阅”部分…

  • #12597: 增强:为 t 检验添加单侧 p 值

  • #12599: 对 scipy FFT 教程的小更新

  • #12600: 增强:不相交集数据结构

  • #12602: 修复:在 interpnd.pyx 中为只读视图添加 const

  • #12605: 修复:更正 `scipy.constants.lambda2nu` 中 `np.asanyarray` 的用法

  • #12610: 维护:转发端口 1.5.2 发行说明

  • #12612: 维护:stats:使用显式关键字参数而不是 `**kwds`。

  • #12616: 文档:显式说明 interpolate.interp1d 仅接受…的文档字符串

  • #12618: 文档:次要文档格式。

  • #12640: 维护:stats:修复 scipy.stats.pearson3 文档、矩量…的问题

  • #12647: 测试:添加 Boost ellipr[cdfgj]_data 测试数据

  • #12648: 文档:使用说明更新 special/utils/README

  • #12649: 文档:简化的 pip 快速入门指南

  • #12650: 文档:stats:修复 boxcox 文档字符串:lambda 可以为负数。

  • #12655: 文档:更新治理文档中列出的指导委员会成员

  • #12659: rv_sample 预期错误

  • #12663: 文档:优化:尝试修复 linprog 特定方法的文档

  • #12664: 修复:stats:修复具有较大负值的 logistic 的 logpdf…

  • #12666: 维护:来自静态分析的修复

  • #12667: 增强:将修改后的罗德里格斯参数添加到 Rotation 类

  • #12670: 文档:更新 Gamma 分布的文档

  • #12673: API:从 cKDTree.query 无条件返回 np.intp

  • #12677: 维护:将自动生成通知添加到 ufuncs.pyi

  • #12682: MAINT: 移除 _util._valarray

  • #12688: MAINT: 将 f2py 生成的 scipy.integrate 文件添加到 .gitignore

  • #12689: BENCH: 简化基准测试设置,移除 benchmarks/run.py

  • #12694: scipy/stats: 添加 laplace_asymmetric 连续分布

  • #12695: DOC: 更新 Ubuntu 快速入门;conda 编译器现在可以工作了!

  • #12698: MAINT: 将 np.max 替换为 np.maximum

  • #12700: TST: 提高约束 trustregion 测试的精度

  • #12702: TST: 提高 `DifferentialEvolutionSolver.test_L4` 的测试容差

  • #12703: BUG: 改进 sepfir2d 的输入验证

  • #12708: MAINT: 修复 scipy.sparse 中的拼写错误

  • #12709: BUG: bvls 可能无法收敛

  • #12711: MAINT: 使用 platform.python_implementation 确定 IS_PYPY

  • #12713: TST: 修复不稳定的 test_lgmres 测试

  • #12716: DOC: 为插值函数添加示例和教程链接...

  • #12717: DOC: 修复 Issue #5396

  • #12725: ENH: 支持许多 ndimage 的复数值图像和核...

  • #12729: DEP: 移除 setup_requires

  • #12732: BENCH: 当 SCIPY_XSLOW=0 时跳过基准测试,而不是隐藏它们

  • #12734: CI: 不要忽略 lint_diff 检查中的行长度。

  • #12736: DOC: 修复 signal.windows.get_window() ‘exponential’ 文档字符串

  • #12737: ENH: stats: 覆盖 stats.gumbel_r.fit 和 stats.gumbel_l.fit...

  • #12738: ENH: stats: 使用方程组覆盖 stats.logistic.fit...

  • #12743: BUG: 避免圆形统计中的负方差

  • #12744: 防止在 GNU/Hurd 上构建错误

  • #12746: TST: 参数化 test_ndimage.py 中的测试用例

  • #12752: DOC: 为一些根查找函数添加示例。

  • #12754: MAINT, CI: Azure windows deps 多行

  • #12756: ENH: stats: 为 levy 添加 sf 方法,以提高精度...

  • #12757: ENH: stats: 为 levy_l 添加 sf 方法,以提高精度。

  • #12765: TST, MAINT: infeasible_2 上下文

  • #12767: 修复模式为 reflect 的样条插值边界处理...

  • #12769: DOC: scipy.interpolate.bspl 中的语法错误

  • #12770: ENH: 将向上取整添加到 scipy.interpolate.interp1d

  • #12771: TST: 修复 scipy.signal.gammatone 的无效输入单元测试

  • #12775: ENH: 添加具有两种方法的 quadratic_assignment

  • #12776: ENH: 在 ndimage 插值中添加网格常量边界处理...

  • #12777: 添加 Taylor 窗函数 - 雷达 DSP 中常用

  • #12779: ENH: 改进 pocketfft 线程池和 ARM neon 向量化

  • #12788: API: 将 cKDTree n_jobs 参数重命名为 workers

  • #12792: DOC: 移除 THANKS.txt 文件,转而使用 scipy.org

  • #12793: 为 authors 工具添加新标志

  • #12802: BENCH: 添加 scipy.ndimage.interpolation 基准测试

  • #12803: 不要在不支持的 python 版本中固定 numpy 的版本

  • #12810: CI: 修复 Azure CI 运行中 32 位 Linux 构建失败

  • #12812: ENH: 支持复数值图像的插值

  • #12814: BUG: nonlin_solve 不应该将非向量 dx 传递给 tol_norm

  • #12818: 更新 ckdtree.pyx

  • #12822: MAINT: 简化 directed_hausdorff

  • #12827: DOC: 修复文档中使用了错误的名称 w 而不是 worN。

  • #12831: DOC: 修复 sparse/base.py 中的拼写错误

  • #12835: MAINT: stats: 改进 vonmises PDF 计算。

  • #12839: ENH: scipy.stats: 添加多元超几何分布

  • #12843: 将 windows.dpss 中的 M 更改为 N

  • #12846: MAINT: 将最低 NumPy 版本更新为 1.16.5

  • #12847: DOC: 统一 scipy.stats.pearsonr() 文档中的公式

  • #12849: DOC: 为保持一致性和可读性,优化 QAP 文档

  • #12852: ENH, MAINT: 使 KDTree 接口与 cKDTree 的功能对等

  • #12858: DOC: 对参考文献使用 :doi: 和 :arxiv: 指令

  • #12872: 在 MapWrapper 中延迟导入 multiprocessing.Pool

  • #12878: DOC: 文档 ScalarFunction

  • #12882: MAINT: stats: 更改测试以使用 <= 而不是严格小于...

  • #12885: 编辑 numpy.linspace 调用以确保正确的间距。

  • #12886: DOC: stats: 将 ‘versionadded’ 添加到 cramervonmises 文档字符串。

  • #12899: TST: 使一些测试在 32 位架构上预期失败

  • #12903: DOC: 更新 Windows 构建指南并将其移至贡献者指南

  • #12907: DOC: 阐明 precenter 选项适用于哪个数组

  • #12908: MAINT: spatial: 删除 ... 中两个未使用的变量

  • #12909: ENH: stats: 添加方法 gumbel_r._sf 和 gumbel_r._isf

  • #12910: CI: travis: 从 .travis.yml 中删除一些不必要的代码。

  • #12911: 对树状图绘图进行小的修复

  • #12921: CI: 不要在 fork 或 cron 作业中运行 GitHub Actions

  • #12927: MAINT: 将 integrate.simps 重命名为 simpson

  • #12934: MAINT: 将 trapz 和 cumtrapz 重命名为 (cumulative_)trapezoid

  • #12936: MAINT: 修复 nct.stats 中的数值精度

  • #12938: MAINT: 修复 master 上的 linter

  • #12941: 更新最低 AIX 固定,以匹配非 AIX 构建

  • #12955: BUG: 修复 scipy.stats.weightedtau 中错误的 NaN 检查

  • #12958: ENH: stats: 为 nakagami 实现 _logpdf、_sf 和 _isf。

  • #12962: 更正了一系列离散分布的 p 应该在 [0,1] 中...

  • #12964: BUG: 将 line.strip() 添加到 split_data_line()

  • #12968: ENH: stats: 仅使用分析公式或标量求根...

  • #12971: MAINT: 声明支持 Python 3.9

  • #12972: MAINT: 删除冗余的 Python < 3.6 代码

  • #12980: DOC: 更新 optimize.rosen 的文档

  • #12983: ENH: 改进 stats.linregress

  • #12990: DOC: 阐明将 sos 用作 iirdesign 的输出类型可能会...

  • #12992: DOC: lsmr 中的大小写和格式

  • #12995: DOC: stats: 多个文档修复。

  • #12996: BUG: 改进 binned_statistic_dd 的 `range` 参数的错误消息

  • #12998: MAINT: 使用 FP32 的 approx_derivative 关闭 #12991

  • #13004: TST: isinstance(OptimizeResult.message, str) 关闭 #13001

  • #13006: 加载空 mat 数组时保持正确的 dtype。

  • #13009: MAINT: 将 SLSQP 步骤裁剪在边界内

  • #13012: DOC: 修复 bilinear_zpk 示例标签

  • #13013: ENH: 向 `DisjointSet` 添加 `subset` 和 `subsets` 方法...

  • #13029: MAINT: basinhopping 初始最小化回调

  • #13032: DOC: 修复 stats.wilcoxon 中的文档字符串错误

  • #13036: BUG: 前向移植 lint_diff shims

  • #13041: MAINT: dogbox 确保 x 在边界内,关闭 #11403

  • #13042: MAINT: 前向移植 1.5.4 发行说明

  • #13046: DOC: 更新 optimize.least_squares 文档,说明所有容差必须...

  • #13052: 修复集群文档的拼写错误

  • #13054: 错误修复:修复 `scipy.optimize.show_options` 对于未知方法的问题。

  • #13056: 维护:fft:修复 C++ 编译器警告。

  • #13057: 对 csr_tocsc 函数的文档进行小幅修复

  • #13058: 文档:stats:在教程文件中用 np.float64 替换 np.float。

  • #13059: 文档:stats:更新 linregress 文档字符串中的“Returns”部分。

  • #13060: 维护:clip_x_for_func 应该是私有的

  • #13061: 文档:示例中 signal.win -> signal.windows.win

  • #13063: 维护:添加 suite-sparse 和 sksparse 安装检查

  • #13070: 维护:stats:删除一些过时的注释。

  • #13073: 错误修复:修复 scalar_search_wolfe2 以解决 #12157

  • #13078: CI,维护:将 Lint 迁移到 Azure

  • #13081: 构建:放弃 Python 3.6 支持 (NEP 29)

  • #13082: 维护:在其他一些地方将最低 NumPy 版本更新为 1.16.5

  • #13083: 文档:更新 toolchain.rst

  • #13086: 文档:更新 correlation 文档字符串的 Parameters 部分

  • #13087: 增强:signal:加速 _sosfilt 的 Cython 实现

  • #13089: 构建,错误修复:向 HiGHS basiclu 库添加 c99 编译器标志

  • #13091: 错误修复:修复 _sosfilt 中的 GIL 处理

  • #13094: 文档:澄清 cKDTree.query 文档字符串中的“location”

  • #13095: 缩放调整更新

  • #13097: 错误修复:修复 CubicSpline(…, bc_type=”periodic”) #11758

  • #13100: 错误修复:sparse:更正 kron 的输出格式

  • #13107: 增强:为小成本矩阵提供更快的 linear_sum_assignment

  • #13110: CI,维护:将 refguide/asv 检查移至 Azure

  • #13112: CI:修复 MacOS CI

  • #13113: CI:为 refguide-check 安装单词列表软件包

  • #13115: 错误修复:为 signal.iirdesign() 添加值范围检查

  • #13116: CI:在 refguide-check 中发生异常后,不报告名称错误

  • #13117: CI:将 sdist/预发布测试移至 Azure

  • #13119: 改进 friedmanchisquare 函数的错误消息

  • #13121: 修复 Python 3.10 上 NaN 的 factorial()

  • #13123: 构建:为语言标准版本测试指定文件扩展名

  • #13128: 测试:跳过 ODR 的 Fortran I/O 测试

  • #13130: 测试:在 Python 3.10 上跳过 factorial() 浮点测试

  • #13136: CI:在 GH Actions 中添加 python dbg 运行

  • #13138: CI:将覆盖率,64 位 BLAS,GCC 4.8 构建移植到 Azure

  • #13139: 修复 ndimage.interpolation 函数中 mode='nearest' 的边缘情况

  • #13141: 错误修复:signal:修复 ss2tf 返回的分子数据类型。

  • #13144: 维护:stats:限制 gausshyper z > -1

  • #13146: csr.py 中的错别字

  • #13148: 错误修复:stats:修复每个 gh-12870 中稳定 rvs 的错别字

  • #13149: 文档:spatial/stats:交叉引用随机旋转矩阵函数

  • #13151: 维护:stats:修复一个测试和一些 PEP-8 问题。

  • #13152: 维护:stats:在私有函数中使用 np.take_along_axis

  • #13154: 增强:stats:在 ... 中实现对恒定输入的定义处理

  • #13156: 文档:为 ndimage.zoom 示例保持相等的显示范围

  • #13159: CI:Azure:不要在合并提交上运行测试,覆盖率测试除外

  • #13160: 文档:stats:消除位置偏移/非中心的歧义

  • #13161: 错误修复:DifferentialEvolutionSolver.__del__ 在垃圾回收中可能会失败

  • #13163: 错误修复:stats:修复 spearmanr nan 传播中的错误

  • #13167: 维护:stats:修复一个测试。

  • #13169: 错误修复:stats:修复 mstats.pearsonr 中未对齐的掩码的处理。

  • #13178: CI:testing.yml –> macos.yml

  • #13181: CI:修复 lint

  • #13190: 错误修复:optimize:修复 `test_show_options` 的重复键错误

  • #13192: 错误修复:linalg:向 gejsv 包装器添加覆盖选项

  • #13194: 错误修复:slsqp 应该能够使用 rel_step

  • #13199: [跳过 travis] 文档:1.6.0 发行说明

  • #13203: 修复错别字

  • #13209: 测试:linalg:为 cossin 测试设置种子

  • #13212: [文档] 反引号和指令一致性。

  • #13217: REL:在 pyproject.toml 中添加必要的 setuptools 和 numpy 版本引脚...

  • #13226: 错误修复:pavement.py 文件句柄修复

  • #13249: 正确处理具有复数值的 ndimage 函数的 cval...

  • #13253: 错误修复,维护:确保关闭所有 Pool 对象

  • #13255: 错误修复:linalg:修复 heevx 包装器并添加新测试

  • #13260: CI:修复 macOS 测试

  • #13269: CI:github actions:在 linux dbg 测试中,在 ... 之前更新 apt

  • #13279: 维护:1.6.0 rc2 反向移植