ttest_ind#
- scipy.stats.ttest_ind(a, b, axis=0, equal_var=True, nan_policy='propagate', permutations=None, random_state=None, alternative='two-sided', trim=0, *, keepdims=False)[source]#
计算 两个独立 分数样本均值的 T 检验。
这是用于零假设的检验,即 2 个独立样本具有相同的平均(预期)值。默认情况下,此检验假设总体具有相同的方差。
- 参数:
- a, b类数组
数组必须具有相同的形状,除对应于轴(默认情况下为第一个轴)的维度外。
- axisint 或 None,默认值:0
如果为 int,则为沿其计算统计信息的输入轴。输入的每个轴切片(例如行)的统计信息都将显示在输出的对应元素中。如果为
None
,则在计算统计信息之前将平铺输入。- equal_varbool,可选
如果为 True(默认值),则执行标准的独立 2 样本检验,假设总体方差相等 [1]。如果为 False,则执行不假设总体方差相等的 Welc t 检验 [2]。
于 0.11.0 版中添加。
- nan_policy{“propagate”、”omit”、”raise”}
定义如何处理输入 NaN。
propagate
:如果在计算统计信息的轴切片(例如行)中存在 NaN,则该输出的对应项将为 NaN。omit
:在执行计算时将忽略 NaN。如果在计算统计信息的轴切片中剩余的数据不足,则该输出的对应项将为 NaN。raise
:如果存在 NaN,则将引发ValueError
。
- permutations非负 int、np.inf 或 None(默认值),可选
如果为 0 或 None(默认值),则使用 t 分布计算 p 值。否则,permutations 是使用排列检验估算 p 值的随机排列数。如果 permutations 等于或超过合并数据各个不同划分的数量,则改用精确检验(即每个不同划分仅使用一次)。有关详细信息,请参阅备注。
于 1.7.0 版中添加。
- random_state{None、int、
numpy.random.Generator
, 如果 seed 为 None(或 np.random),则使用
numpy.random.RandomState
单例。如果 seed 为整数,则使用新的RandomState
实例,对其设置 seed 作为种子。如果 seed 已是Generator
或RandomState
实例,则使用该实例。用于生成置换的伪随机数生成器状态(仅在 permutations 为 None 时使用)。
于 1.7.0 版中添加。
- alternative{‘two-sided’, ‘less’, ‘greater’},可选
定义备择假设。有以下选项可用(默认值为 ‘two-sided’)
‘two-sided’:样本背后的分布均值不相等。
‘less’:第一个样本背后的分布均值小于第二个样本背后的分布均值。
‘greater’:第一个样本背后的分布均值大于第二个样本背后的分布均值。
1.6.0 版添加。
- trim浮点数,可选
如果非零,则执行裁剪(袁氏)t 检验。定义要从每个输入样本的每端裁剪的元素比例。如果为 0(默认值),则不会从任一侧裁剪元素。从每条尾部裁剪的元素数量是 trim 乘以元素数量的向下取整。有效范围为 [0, .5)。
1.7 版添加。
- keepdims布尔值,默认值:False
如果将其设置为 True,则缩减的轴将以大小为 1 的维度形式保留在结果中。使用此选项时,结果将针对输入阵列正确广播。
- 返回:
- result
TtestResult
一个具有以下属性的对象
- statistic浮点数或 ndarrays
t 统计量。
- pvalue浮点数或 ndarrays
与给定备择假设相关的 p 值。
- df浮点数或 ndarrays
t 统计量计算中使用的自由度数。对于置换 t 检验,这始终为 NaN。
1.11.0 版添加。
对象还具有以下方法
- confidence_interval(confidence_level=0.95)
计算给定置信水平的人口均值差异的置信区间。置信区间返回带
namedtuple
字段low
和high
的名称元组。执行置换 t 检验时,将不计算置信区间,且字段low
和high
包含 NaN。1.11.0 版添加。
- result
注意
假设我们观察到两个独立样本,例如花瓣长度,并思考这两个样本是出自同一总体(例如同一花种或两个花瓣特征类似的花种)还是两个不同的总体。
t 检验量化了两个样本的算术平均数之间的差异。p 值量化了观察到更极端的值以及假设零假设为真(即样本出自具有相同总体均值的总体)的概率。大于所选阈值(例如 5% 或 1%)的 p 值表明我们的观察不太可能是由碰巧发生的。因此,我们不拒绝总体均值相等的零假设。如果 p 值小于我们的阈值,则我们有证据反对总体均值相等的零假设。
默认情况下,p 值通过比较观测数据的 t 统计量和理论 t 分布来确定。当
1 < permutations < binom(n, k)
时,其中k
是 a 中的观察次数,n
是 a 和 b 中的观测总数,binom(n, k)
是二项式系数(自 n 中选取 k),
数据合并(串联),然后随机分配到组 a 或 b 中,并计算 t 统计量。重复进行此过程(置换 次数),生成零假设下的 t 统计量分布,并根据该分布判断观察数据的 t 统计量的 p 值。具体来说,报告的 p 值是第 4.4 节中定义的“达到的显著性水平”(ASL),请参阅 [3]。请注意,还有其他方法可以使用随机置换检验来估算 p 值;有关其他选项,请参阅更通用的
permutation_test
。当
permutations >= binom(n, k)
时,将执行精确检验:数据在各个不同分组中仅唯一划分一次。置换检验在计算上可能很昂贵,并且不一定比分析检验更准确,但它不会对基础分布的形状做出严格的假设。
修剪的使用通常称为修剪 t 检验。有时称为 Yuen t 检验,这是 Welch t 检验的扩展,不同之处在于在计算方差时使用 Winsor 化均值,在计算统计量时使用修剪样本量。如果底层分布是长尾的或被异常值污染,则建议进行修剪 [4]。
该统计量计算为
(np.mean(a) - np.mean(b))/se
,其中se
是标准误差。因此,当 a 的样本均值大于 b 的样本均值时,该统计量为正值;当 a 的样本均值小于 b 的样本均值时,该统计量为负值。从 SciPy 1.9 开始,在执行计算之前,
np.matrix
输入(不建议用于新代码)会转换为np.ndarray
。在这种情况下,输出将是标量或形状合适的np.ndarray
,而不是二维np.matrix
。类似地,虽然掩模数组的掩模元素会被忽略,但输出将是标量或np.ndarray
,而不是具有mask=False
的掩模数组。参考
[3]Efron 和 T. Hastie。计算机时代统计推断。(2016 年)。
[4]袁,凯伦·卡。 “针对总体方差不等的二样本修剪 t。”Biometrika,第 61 卷,第 1 期,1974 年,第 165-170 页。JSTOR,www.jstor.org/stable/2334299。访问时间:2021 年 3 月 30 日。
[5]袁,凯伦·卡,和 W. J. 迪克森。 “二样本修剪 t 的近似行为和性能。”Biometrika,第 60 卷,第 2 期,1973 年,第 369-374 页。JSTOR,www.jstor.org/stable/2334550。访问时间:2021 年 3 月 30 日。
示例
>>> import numpy as np >>> from scipy import stats >>> rng = np.random.default_rng()
使用具有相同均值的样本进行测试
>>> rvs1 = stats.norm.rvs(loc=5, scale=10, size=500, random_state=rng) >>> rvs2 = stats.norm.rvs(loc=5, scale=10, size=500, random_state=rng) >>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs2) TtestResult(statistic=-0.4390847099199348, pvalue=0.6606952038870015, df=998.0) >>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs2, equal_var=False) TtestResult(statistic=-0.4390847099199348, pvalue=0.6606952553131064, df=997.4602304121448)
ttest_ind
低估了方差不等的情况下的 p 值>>> rvs3 = stats.norm.rvs(loc=5, scale=20, size=500, random_state=rng) >>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs3) TtestResult(statistic=-1.6370984482905417, pvalue=0.1019251574705033, df=998.0) >>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs3, equal_var=False) TtestResult(statistic=-1.637098448290542, pvalue=0.10202110497954867, df=765.1098655246868)
当
n1 != n2
时,相等方差的 t 统计量不再等于不等方差的 t 统计量>>> rvs4 = stats.norm.rvs(loc=5, scale=20, size=100, random_state=rng) >>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs4) TtestResult(statistic=-1.9481646859513422, pvalue=0.05186270935842703, df=598.0) >>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs4, equal_var=False) TtestResult(statistic=-1.3146566100751664, pvalue=0.1913495266513811, df=110.41349083985212)
均值、方差和 n 不同的 t 检验
>>> rvs5 = stats.norm.rvs(loc=8, scale=20, size=100, random_state=rng) >>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs5) TtestResult(statistic=-2.8415950600298774, pvalue=0.0046418707568707885, df=598.0) >>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs5, equal_var=False) TtestResult(statistic=-1.8686598649188084, pvalue=0.06434714193919686, df=109.32167496550137)
执行置换检验时,更多的置换通常会产生更准确的结果。使用
np.random.Generator
来确保可重复性>>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs5, permutations=10000, ... random_state=rng) TtestResult(statistic=-2.8415950600298774, pvalue=0.0052994700529947, df=nan)
采用这两个样本,其中一个样本具有极端的尾部。
>>> a = (56, 128.6, 12, 123.8, 64.34, 78, 763.3) >>> b = (1.1, 2.9, 4.2)
使用 trim 关键字来执行修剪的(袁)t 检验。例如,在使用 20% 修剪时,
trim=.2
,该检验会减少样本 a 的每个尾部的一个 (np.floor(trim*len(a))
) 元素。它将不会对样本 b 产生影响,因为np.floor(trim*len(b))
是 0。>>> stats.ttest_ind(a, b, trim=.2) TtestResult(statistic=3.4463884028073513, pvalue=0.01369338726499547, df=6.0)