scipy.stats.

ttest_ind#

scipy.stats.ttest_ind(a, b, *, axis=0, equal_var=True, nan_policy='propagate', alternative='two-sided', trim=0, method=None, keepdims=False)[source]#

计算两个独立样本分数的 T 检验。

这是一个用于检验零假设的测试,即 2 个独立样本具有相同的平均(期望)值。此测试默认假设总体具有相同的方差。

参数:
a, barray_like

这些数组必须具有相同的形状,除了对应于 axis 的维度(默认为第一个)。

axisint 或 None, 默认: 0

如果为 int,则为输入沿其计算统计量的轴。输入的每个轴切片(例如,行)的统计量将出现在输出的相应元素中。如果为 None,则在计算统计量之前将输入展平。

equal_varbool, optional

如果为 True (默认),则执行一个标准独立 2 样本检验,该检验假设总体方差相等 [1]。如果为 False,则执行 Welch t 检验,该检验不假设总体方差相等 [2]

版本 0.11.0 中新增。

nan_policy{‘propagate’, ‘omit’, ‘raise’}

定义如何处理输入 NaN。

  • propagate:如果计算统计量的轴切片(例如,行)中存在 NaN,则输出的相应条目将为 NaN。

  • omit:在执行计算时将忽略 NaN。如果计算统计量的轴切片中剩余数据不足,则输出的相应条目将为 NaN。

  • raise:如果存在 NaN,将引发 ValueError

alternative{‘two-sided’, ‘less’, ‘greater’}, 可选

定义备择假设。以下选项可用(默认为 'two-sided')

  • 'two-sided':样本所依据的分布均值不相等。

  • 'less':第一个样本所依据的分布均值小于第二个样本所依据的分布均值。

  • 'greater':第一个样本所依据的分布均值大于第二个样本所依据的分布均值。

trimfloat, optional

如果非零,执行修剪(Yuen's)t 检验。定义从输入样本两端修剪的元素比例。如果为 0 (默认),则不从任何一端修剪元素。每个尾部修剪的元素数量是修剪比例乘以元素数量的向下取整。有效范围为 [0, .5)。

methodResamplingMethod, optional

定义用于计算 p 值的方法。如果 methodPermutationMethod/MonteCarloMethod 的实例,则 p 值使用 scipy.stats.permutation_test/scipy.stats.monte_carlo_test 计算,并使用提供的配置选项和其他适当设置。否则,p 值通过将检验统计量与理论 t 分布进行比较来计算。

版本 1.15.0 中新增。

keepdimsbool, 默认: False

如果设置为 True,则减少的轴将保留在结果中,作为大小为一的维度。使用此选项,结果将与输入数组正确广播。

返回:
resultTtestResult

一个具有以下属性的对象

statisticfloat 或 ndarray

t 统计量。

pvaluefloat 或 ndarray

与给定备择假设相关的 p 值。

dffloat 或 ndarray

用于计算 t 统计量的自由度数。

1.11.0 版新增。

该对象还具有以下方法

confidence_interval(confidence_level=0.95)

计算给定置信水平下总体均值差异的置信区间。置信区间以 namedtuple 形式返回,字段为 lowhigh

1.11.0 版新增。

附注

假设我们观察到两个独立样本,例如花瓣长度,并且我们正在考虑这两个样本是从同一总体(例如同一种花或两种具有相似花瓣特征的物种)还是从两个不同总体中抽取的。

t 检验量化了两个样本算术平均值之间的差异。p 值量化了在零假设(即样本来自具有相同总体均值的总体)成立的情况下观察到极端值或更极端值的概率。p 值大于选定阈值(例如 5% 或 1%)表示我们的观察结果不太可能偶然发生。因此,我们不拒绝总体均值相等的零假设。如果 p 值小于我们的阈值,那么我们就有证据反对总体均值相等的零假设。

默认情况下,p 值是通过将观测数据的 t 统计量与理论 t 分布进行比较来确定的。

也可以通过传入 method=scipy.stats.PermutationMethod(n_resamples=permutations) 来计算检验统计量,其中 permutations 是用于形成零分布的“置换”所需数量。当 1 < permutations < binom(n, k) 时,其中

  • ka 中的观测值数量,

  • nab 中的观测值总数,并且

  • binom(n, k) 是二项式系数(nk),

数据被合并(连接),随机分配到组 ab,并计算 t 统计量。这个过程重复进行 (permutations 次),生成零假设下的 t 统计量分布,并将观测数据的 t 统计量与该分布进行比较以确定 p 值。具体来说,报告的 p 值是 [3] 中定义的“已达到的显著性水平”(ASL)。请注意,还有其他使用随机置换检验估计 p 值的方法;对于其他选项,请参阅更通用的 permutation_test

permutations >= binom(n, k) 时,执行精确检验:数据以每种不同的方式在组之间精确地划分一次。

置换检验可能计算量大,不一定比分析检验更准确,但它对底层分布的形状不作强假设。

修剪的使用通常被称为修剪 t 检验。有时被称为 Yuen t 检验,它是 Welch t 检验的扩展,区别在于计算方差时使用 winsorized 均值,计算统计量时使用修剪后的样本大小。如果底层分布是长尾或包含异常值,建议进行修剪 [4]

统计量计算为 (np.mean(a) - np.mean(b))/se,其中 se 是标准误差。因此,当 a 的样本均值大于 b 的样本均值时,统计量为正;当 a 的样本均值小于 b 的样本均值时,统计量为负。

从 SciPy 1.9 开始,np.matrix 输入(不推荐用于新代码)在执行计算之前转换为 np.ndarray。在这种情况下,输出将是标量或适当形状的 np.ndarray,而不是 2D np.matrix。类似地,虽然被掩码数组的被掩码元素被忽略,但输出将是标量或 np.ndarray,而不是带有 mask=False 的被掩码数组。

数组 API 标准支持

ttest_ind 除了 NumPy 之外,还实验性支持 Python 数组 API 标准兼容后端。请考虑通过设置环境变量 SCIPY_ARRAY_API=1 并提供 CuPy、PyTorch、JAX 或 Dask 数组作为数组参数来测试这些功能。支持以下后端和设备(或其他功能)组合。

CPU

GPU

NumPy

不适用

CuPy

不适用

PyTorch

JAX

Dask

不适用

有关更多信息,请参阅 对数组 API 标准的支持

参考文献

[3]
  1. Efron 和 T. Hastie. 计算机时代的统计推断. (2016)。

[4]

Yuen, Karen K.“不等总体方差的两样本修剪 t 检验”。Biometrika,第 61 卷,第 1 期,1974 年,第 165-170 页。JSTOR,www.jstor.org/stable/2334299。2021 年 3 月 30 日访问。

[5]

Yuen, Karen K. 和 W. J. Dixon.“两样本修剪 t 检验的近似行为和性能”。Biometrika,第 60 卷,第 2 期,1973 年,第 369-374 页。JSTOR,www.jstor.org/stable/2334550。2021 年 3 月 30 日访问。

示例

>>> import numpy as np
>>> from scipy import stats
>>> rng = np.random.default_rng()

对具有相同均值的样本进行测试

>>> rvs1 = stats.norm.rvs(loc=5, scale=10, size=500, random_state=rng)
>>> rvs2 = stats.norm.rvs(loc=5, scale=10, size=500, random_state=rng)
>>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs2)
TtestResult(statistic=-0.4390847099199348,
            pvalue=0.6606952038870015,
            df=998.0)
>>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs2, equal_var=False)
TtestResult(statistic=-0.4390847099199348,
            pvalue=0.6606952553131064,
            df=997.4602304121448)

ttest_ind 低估了不等方差的 p 值

>>> rvs3 = stats.norm.rvs(loc=5, scale=20, size=500, random_state=rng)
>>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs3)
TtestResult(statistic=-1.6370984482905417,
            pvalue=0.1019251574705033,
            df=998.0)
>>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs3, equal_var=False)
TtestResult(statistic=-1.637098448290542,
            pvalue=0.10202110497954867,
            df=765.1098655246868)

n1 != n2 时,等方差 t 统计量不再等于不等方差 t 统计量

>>> rvs4 = stats.norm.rvs(loc=5, scale=20, size=100, random_state=rng)
>>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs4)
TtestResult(statistic=-1.9481646859513422,
            pvalue=0.05186270935842703,
            df=598.0)
>>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs4, equal_var=False)
TtestResult(statistic=-1.3146566100751664,
            pvalue=0.1913495266513811,
            df=110.41349083985212)

不同均值、方差和 n 的 T 检验

>>> rvs5 = stats.norm.rvs(loc=8, scale=20, size=100, random_state=rng)
>>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs5)
TtestResult(statistic=-2.8415950600298774,
            pvalue=0.0046418707568707885,
            df=598.0)
>>> stats.ttest_ind(rvs1, rvs5, equal_var=False)
TtestResult(statistic=-1.8686598649188084,
            pvalue=0.06434714193919686,
            df=109.32167496550137)

取这两个样本,其中一个具有极端尾部。

>>> a = (56, 128.6, 12, 123.8, 64.34, 78, 763.3)
>>> b = (1.1, 2.9, 4.2)

使用 trim 关键字执行修剪(Yuen)t 检验。例如,使用 20% 修剪,trim=.2,测试将减少样本 a 的每个尾部的一个(np.floor(trim*len(a)))元素的影响。它对样本 b 没有影响,因为 np.floor(trim*len(b)) 为 0。

>>> stats.ttest_ind(a, b, trim=.2)
TtestResult(statistic=3.4463884028073513,
            pvalue=0.01369338726499547,
            df=6.0)